Am Hochaltar steht in der Mitte Christus als König. Zur Linken des Herrn droht der Erzengel Michael, der Patron der Kirche, mit dem Flammenschwert die Sünder (sie werden nicht durch Skulpturen verkörpert, sondern durch den Betrachter) zu bestrafen.1 Den sündigen Menschen kommt (zur Rechten Christi) Maria mit ihrer Fürsprache zu Hilfe. Daraufhin gebietet Christus dem strafenden Michael mit einer Handbewegung Einhalt. Über der Szenerie schwebt ein Reigen huldigender Putten in den Wolken. Bei den zentralen Figuren der Darstellung handelt es sich um eine alte Nachbildung (17.Jh.) des frühbarocken Gnadenbildes in Klosterlechfeld.

Im Segmentgiebel der Altararchitektur erscheint Gottvater und im Auszug darüber der hl. Geist. Die Mittelachse veranschaulicht zusammen gesehen das Geheimnis der Dreifaltigkeit. Als Assistenzfiguren dienen zwei (neubarocke) hl. Bischöfe: links außen St. Ulrich mit einem Fisch, der Heilige rechts außen ist nicht eindeutig durch Attribute bezeichnet. Den Stipes schmückt ein barockes Antependium mit einer Darstellung der paarweise in die Welt hinausziehenden Apostel nach ihrer Aussendung durch Christus.

Die Seitenaltäre sind den Eltern Jesu, Maria und Joseph, geweiht. Der linke Seitenaltar (Frauenaltar) enthält in der Mitte eine reliefartige Skulpturengruppe der Krönung Mariens durch Gottvater und Sohn mit dem hl. Geist. Seitlich stehen Statuen, links der hl. Elisabeth von Thüringen und rechts der hl. Therese von Avila , im runden Gemälde des Auszugs ist die hl. Barbara zu sehen. Im Bereich der Predella befindet sich heute eine Rokoko-Kopie des Innsbrucker Mariahilf-Gnadenbildes.

Den rechten Seitenaltar ziert in der Mitte ein Relief mit der hl. Familie in Nazareth. Links steht eine Figur des hl. Sebastian, rechts des hl. Florian; das Auszugsbild stellt den hl. Leonhard als Viehpatron vor; Im Hintergrund kann   man die Seeshaupter Kirche erkennen.   In der Predella befindet sich ein Gemälde, das den guten Tod des hl. Joseph (in Anwesenheit Mariens und Jesu) veranschaulicht.

Am Annaaltar in der Annakapelle steht eine Skulpturengruppe "Anna unterweist ihre Tochter Maria". Im Auszug sieht man eine gemalte Heiliggeist-Taube, während die Predella den Besuch Mariens bei Elisabeth illustriert. Die Giebel aller Altäre sind jeweils zusätzlich mit Engelsfiguren besetzt. 1995 schuf der Bildhauer Egon Stöckle aus Hohenfurch einen neuen Volksaltar. Zur modernen Ausstattung gehört außerdem ein Osterleuchter mit dem Propheten Jonas, der am dritten Tag aus dem Bauch eines Fisches befreit wurde und daher als typologisches Vorzeichen der Auferstehung Christi gedeutet wird. In der Nähe des Altars steht ein aus Buchsbaum gefertigtes Kreuz über dem Schädel Adams: "So wie in Adam alle sterben, so werden in Christus alle auferweckt werden." (1 Kor. 15,22) An der rechten Wand im heutigen Chorraum ist ein Landschaftsgemälde mit dem Kalvarienberg aufgehängt. Dabei handelt es sich um einen Entwurf des Wahl-Seeshaupters Karl-Hubert Frosch (1846-1931) zu einem Panorama-Gemälde der Kreuzigung Christi, vielleicht zu demjenigen in Einsiedeln (Einweihung 1893), mit dem der Entwurf weitgehend übereinstimmt. Am alten (östlichen) Chorbogen wurden um 1909 an der Stelle der früheren Seitenaltäre lebensgroße Statuen der Apostelfürsten Petrus und Paulus aufgestellt.

Die neubarocke Kanzel wird von einer Figur des Kirchenpatrons St. Michael bekrönt. Zur Figur des Erzengels passen die vier musizierenden Engel am Kanzelkorb und zwei Engelsherren als Träger des Schalldeckels. An letzterem sind in Kartuschen symbolhafte Darstellungen verschiedener religiöser Angebote und Haltungen als Hilfen in den Anfechtungen des Lebens angebracht: "Opfer und Sakrament" (Kelch mit Hostie), "Gebet und Verehrung" (Ziborium), "Liebe zur hl. Kirche" (Tiara), "Geduld in allen Leiden" (Dornenkrone), "hl. Evangelium" (Evangelienbuch). An der Kanzelrückwand sind die Gesetzestafeln Moses' zu sehen als Ermahnung zur Befolgung der Gebote.

An Geländer der Stiege befinden sich die Symbole der vier Evangelisten (Engel, Stier, Löwe, Adler), und in deren Mitte das apokalyptische Lamm als Zeichen für Christus. Die Engel am Kanzelkorb sind mit Attributen und Widmungen ihrer Wahrnehmungen ausgestattet. Gegenüber der Kanzel befindet sich seit einiger Zeit eine gotische Pietä (Mitte 15. Jahrhundert).

Die neubarocke Gesamterscheinung wird durch einen entsprechenden Orgel-Prospekt mit weiteren Engelsfiguren vervollständigt. Die Orgel bietet ein überzeugendes romantisches Klangbild. Unter der Orgelbühne hängt ein Bild der Predigt Johannes des Täufers am Jordan, eine historische Kopie nach Veronese von der Hand des ortsansässigen Malers Hermann Ebers (1881-1955). (Vgl. sein Familien-Grabmal nahe der Kirche.)

An der Wand gegenüber dem Eingang ist ein Brustbildnis Christi zu sehen, das dem Münchener Josef Schlotthauer (1789-1869) zuzuschreiben ist, einem Schüler des Peter von Cornelius. Im Inneren des Turmes, der bis ins 15. Jahrhundert als Chor fungierte, wurden Reste von Wandmalereien vor einigen Jahren freigelegt: Sie zeigen an der Ostwand im Stil der Gotik die Krönung Mariens, flankiert von zwei knieenden Engeln. An der Südseite war die Anbetung der Könige zu sehen. Die Gestik der nur schemenhaft erhaltenen Madonna mit Kind läßt sie noch romanisch erscheinen. Unterhalb dieser Szenen konnte man eine Reihe von Heiligen ausmachen.

Liturgische Geräte

Vom mittelalterlichen Kirchenschatz ist ein spätgotisches silbernes Reliquienkreuz erhalten, das um 1500 entstanden sein dürfte.

Die Kirche mit ihrer Ausstattung ist als eine gelungene Synthese von alt- und neubarocken Elementen anzusehen. Die Qualität der neubarocken Teile macht im Übrigen die etwas trocken geratenen Eingriffe des späten 19. Jahrhunderts wieder wert. Von der alten Ausstattung ist der erhaltene Stuck im Chorraum hervorzuheben. Seltenheitswert besitzen die Freskenfragmente im Turm, die ihrer gänzlichen Freilegung noch harren.